使用纯净水或蒸馏水，并每天更换新水。自来水含有多种矿物质，其中钙、镁离子与碳酸根离子结合生成的白色粉末会堵塞喷射孔，降低加湿器工作效率，还可能损害其内部零件。自来水中的氯离子和微生物还有可能随水雾扩散到空气中造成污染。也可以选择带高效过滤系统的加湿器，过滤掉自来水中的钙、镁离子和微生物。

建议在家中放置湿度计，将室内湿度稳定在40%～65%的范围。加湿器每连续使用2小时，可停用10～20分钟；若使用时闻到异味，要立即开窗。

加湿器如果长期不换水，水箱表面容易形成生物膜或沉积物。因此，应尽量每天清空水箱，擦干水箱内壁后再重新注入纯净水或蒸馏水，避免残留水分滋生细菌。每两周需对加湿器做一次彻底清洁，可用250～500毫克/升有效氯消毒剂浸泡消毒，处理完毕后务必彻底冲洗并风干。若是加湿器长时间未使用，再次启用前必须进行全面消毒。

加湿器应远离热源、家用电器和家具等物品，最好放置在距离地面0.5～1.5米高的稳定平面上。同时，注意不要让喷雾正对着人脸吹，尤其是放在办公桌或床边时，以减少吸入病原微生物。此外，尽量避免在铺有地毯的房间使用加湿器，防止地毯吸收水分后成为细菌滋生的温床。

切勿向加湿器中倒入杀菌剂。一旦添加杀菌剂，可能导致使用者的肺部受损，严重时甚至可能患上“加湿器杀菌剂肺炎”。除此之外，也不建议在加湿器中加入醋、精油、香水等物质，这些成分经雾化后被人吸入，很容易诱发过敏性鼻炎或哮喘。